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Oligo

Oligo

7官方版 華軍軟件園
二維碼
軟件大?。?/span>2.20 MB
軟件語言:簡體中文
下載次數(shù):423次
更新時(shí)間:2024-12-23
軟件版本:7官方版
軟件分類:應(yīng)用程序
軟件類型:國外軟件
運(yùn)行環(huán)境:Mac OS 9
軟件授權(quán):共享軟件
殺毒檢測:
無插件 360通過 金山通過
軟件評分:

軟件介紹 相關(guān)專題 常見問題 其他版本 下載地址

基本簡介
Oligo段首LOGO
Oligo官方版是款設(shè)計(jì)行業(yè)中經(jīng)常使用到餓引物設(shè)計(jì)軟件。Oligo正式版主要用于核酸序列引物分析設(shè)計(jì),可同時(shí)計(jì)算核酸序列的雜交溫度(Tm)和理論預(yù)測序列二級結(jié)構(gòu)。并且Oligo還具備基于最近鄰熱力學(xué)數(shù)據(jù),低聚糖的搜索算法尋找最佳引物PCR,包括TaqMan、高度多路復(fù)用,共識或簡并引物。

Oligo截圖

注意事項(xiàng):

有時(shí)候在mac軟件的下載安裝中會遇到報(bào)錯(cuò),現(xiàn)在華軍小編來給大家整理較為常見的報(bào)錯(cuò)情況并做出解答,有遇到報(bào)錯(cuò)的朋友可以參考如下方案:

1、“xxx軟件已損壞,無法打開,你應(yīng)該將它移到廢紙簍”

2、“打不開xxx軟件,因?yàn)?strong style="white-space:normal;">Apple無法檢查其是否包含惡意軟件

3、“打不開...軟件,因?yàn)樗鼇碜陨矸莶幻鞯拈_發(fā)者”

解決方案如下:

1、在自己的Mac電腦設(shè)置開啟任何來源。

2、如果開啟任何來源無法解決報(bào)錯(cuò)的情況,則表明該應(yīng)用受到蘋果針對應(yīng)用未簽名的限制,需要通過執(zhí)行命令行代碼來繞過應(yīng)用簽名認(rèn)證。 執(zhí)行命令繞過ios的公證Gatekeeper

3、如果上述兩種方法都沒有奏效,那么需要關(guān)閉SIP系統(tǒng)完整性保護(hù)。

Oligo軟件功能

      1、分析TM和內(nèi)部穩(wěn)定性,繪制溶解溫度圖和穩(wěn)定性圖

      2、給出寡核苷酸的重要相關(guān)信息

      3、顯示正向引物、反向引物和當(dāng)前的OLIGO里潛在的連接物,潛在的二聚物也可顯示出來

      4、分析顯示在選中的正向引物或反向引物中基本的成份和溶解溫度

      5、精確地分析出生物信息軟件中的錯(cuò)配位點(diǎn)

      6、正向引物和反向引物選中后,能自動(dòng)產(chǎn)生PCR實(shí)驗(yàn)條件和PCR產(chǎn)物信息

Oligo軟件特色

      軟件的體積方面還是比較的小巧

      而且使用也簡單,直觀的用戶界面

      可以讓用戶更加輕松的完成對軟件的操作

      也可將本地里面的文件進(jìn)行添加到軟件里面進(jìn)行試驗(yàn)

      還可將功能進(jìn)行快速的操作設(shè)置

Oligo使用方法

      1、打開oligo,分別單擊File——New Sequence,在打開的窗口中輸入DNA序列,然后單擊序列上面的勾就OK了。

Oligo截圖

      2、單擊菜單欄的Search——for Primers & Probes...

Oligo截圖

      3、分別單擊 Parameters 和 Ranges 設(shè)計(jì)引物的參數(shù)和范圍。接下來先單擊 Parameters。只需修改引物長度和Tm值的范圍即可,如下方第一張圖。另外因?yàn)橥蛔兾稽c(diǎn)是確定的,所以要確定下游引物的位置,如下方第二張圖所示,即固定了3'端的位置(這里筆者是將突變位點(diǎn)處的引物作為下游引物)

Oligo截圖
Oligo截圖

      4、再單擊Ranges,設(shè)計(jì)范圍如下圖。一般PCR產(chǎn)物長度250——500bp為宜。注:該突變位點(diǎn)在20258bp的位置。

Oligo截圖

      5、單擊Search,如下方第一張圖。跳出搜索結(jié)果,如下方第二張圖。

Oligo截圖
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      6、雙擊上方第二張圖中搜索到的引物,跳出的窗口如下圖,是該對引物的基本信息,包括上下游的位置,長度,Tm值,GC含量,分?jǐn)?shù)等。

Oligo截圖

      7、單擊菜單欄Edit——Reverse Primer,打開下方第一張圖的界面,將3’端第三或第四位的堿基改成錯(cuò)配(這里是將第四位的堿基G改為A,因?yàn)檫@樣改可以取消下游引物的發(fā)夾結(jié)構(gòu)),改好后如下方第二張圖。并單擊第二張圖菜單欄下方的勾。


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Oligo常見問題

如何導(dǎo)入模板序列?

可以用鍵盤直接輸入序列。

如果序列已經(jīng)作為TXT文件存在,或其他Oligo不能直接打開的文件格式(如Word文件、HTML格式),可以在相應(yīng)文件中復(fù)制序列后在序列展示窗口粘貼,Oligo會自動(dòng)去除非堿基字符。

如果序列已經(jīng)保存為Seq格式或者FASTA、GenBank格式,Oligo就可以直接打開序列文件。

Oligo更新日志

      1. 優(yōu)化的腳步從未停止!

      2. 更多小驚喜等你來發(fā)現(xiàn)~

華軍小編推薦:

在經(jīng)歷了多次的更新與優(yōu)化,Oligo變得更加的人性化,也更加的簡單易操作,華軍軟件園小編親測,推薦給大家下載,感興趣的小伙伴還可以下載eZip、ChemDraw Professional冰點(diǎn)還原 For Mac、微信 For Mac、手繪思維導(dǎo)圖軟件iMindMap9 For Mac。

常見問題

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Oligo

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