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Cytoscape軟件功能
支持多種標準
Cytoscape支持很多標準的網(wǎng)絡和注釋文件格式，包括：SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 還支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook，您可以導入由其他應用程序或電子表格程序生成的數(shù)據(jù)文件，如表達譜或GO注釋。使用該功能，您可以加載和保存節(jié)點、邊和網(wǎng)絡上的任意屬性。例如，為您的蛋白質(zhì)輸入一組自定義注釋術(shù)語，為您的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用創(chuàng)建一組置信值。
公共數(shù)據(jù)庫客戶端
Cytoscape是作為一個網(wǎng)絡服務客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫，導入網(wǎng)絡和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫，并導入網(wǎng)絡和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫開發(fā)新的服務客戶端。
互操作性
由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網(wǎng)絡數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。
從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網(wǎng)絡，應用布局，或圖像導出。
會話文件
你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話(.cys)文件。Cytoscape 會話文件包括網(wǎng)絡、屬性(節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡)、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風格。
布局
在二維空間布局網(wǎng)絡。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導向、邊緣加權(quán)和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。
圖像導出
您可以將網(wǎng)絡導出為可發(fā)布的高質(zhì)量圖像。支持PDF、PS、SVG、PNG、JPEG和bmp文件。矢量圖像(PDF和PS)可以通過其他應用程序(如Adobe **)進行修改，以進一步增強。
VizMapper
使用強大的VisualStyles自定義網(wǎng)絡數(shù)據(jù)顯示。在網(wǎng)絡上查看基因表達比和p值的疊加。 表達數(shù)據(jù)可以根據(jù)用戶配置的顏色和可視化方案，映射到節(jié)點顏色、標簽、邊界厚度或邊界顏色等。
篩選
過濾網(wǎng)絡，以根據(jù)當前數(shù)據(jù)選擇節(jié)點和/或相互作用的子集。 例如，用戶可以根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)加載的p值，選擇參與交互的閾值數(shù)量的節(jié)點、共享特定GO注釋的節(jié)點，或在一個或多個條件下基因表達水平發(fā)生顯著變化的節(jié)點。您可以從過濾結(jié)果中創(chuàng)建新的網(wǎng)絡。
檢索
從搜索窗口搜索目標節(jié)點和邊。Lucene語法支持任意復雜的查詢。
瀏覽
放大/縮小和平移瀏覽網(wǎng)絡。使用網(wǎng)絡管理器可以輕松組織多個網(wǎng)絡。而且這種結(jié)構(gòu)可以保存在會話文件中。使用鳥瞰圖輕松瀏覽大型網(wǎng)絡。通過高效的渲染引擎輕松瀏覽大型網(wǎng)絡(100,000+節(jié)點和邊)。
查找模塊/集群
尋找活躍的子網(wǎng)絡/途徑模塊。根據(jù)基因表達數(shù)據(jù)對網(wǎng)絡進行篩選，找出相互作用的連接集，即相互作用子網(wǎng)絡，其基因表現(xiàn)出特別高的差異表達水平。 每個子網(wǎng)絡中包含的相互作用為控制觀察到的表達變化的調(diào)控和信號傳導相互作用提供了假設。在任何加載到Cytoscape中的網(wǎng)絡中找到簇(高度相互連接的區(qū)域)。根據(jù)網(wǎng)絡的類型，簇的含義可能不同。例如，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡中的簇已被證明是蛋白質(zhì)復合物和途徑的一部分。蛋白質(zhì)相似性網(wǎng)絡中的簇代表蛋白質(zhì)家族。
應用管理器和應用商店
可用于網(wǎng)絡和分子輪廓分析的App。Cytoscape是一個用Java編寫的軟件，你可以通過編寫Java代碼來編寫自己的App進行數(shù)據(jù)分析、導入和可視化。更多的Apps可以在Cytoscape App Store中找到。你可以在App Manager中一鍵安裝大部分Apps，或者直接從App Store中安裝(這是Cytoscape 3的一個功能)。
Cytoscape軟件特色
Cytoscape軟件使用可縮放的用戶界面來導航和查看網(wǎng)絡。ZUIs使用兩種導航機制:縮放和平移?？s放根據(jù)用戶想要看到的內(nèi)容的多少或多少來增加或減少視圖的放大
節(jié)點和邊緣列數(shù)據(jù)
交互網(wǎng)絡作為獨立的模型是有用的。然而，當與其他信息結(jié)合在一起時，它們對于回答科學問題是最有效的。Cytoscape允許用戶將任意節(jié)點、邊緣和網(wǎng)絡信息作為節(jié)點/邊緣/網(wǎng)絡數(shù)據(jù)列添加到Cytoscape中
Cytoscape功能不是固定的。它們可以通過應用程序擴展。它們可以以各種方式擴展細Cytoscape。一個應用程序可以從在線數(shù)據(jù)庫導入數(shù)據(jù)。另一個應用程序可以提供一種分析網(wǎng)絡的新方法。你可以在安裝了Cytoscape之后安裝應用程序。大多數(shù)應用程序都是像你這樣的Cytoscape用戶開發(fā)的。
如果你熟悉Cytoscape2。你可能知道細Cytoscape應用程序被稱為插件。從Cytoscape3.0開始，我們稱之為應用。
Cytoscape使用說明
一、輸入文件
支持多種輸入格式，可以保存工程文件，支持多種布局的方式，支持導出圖像，樣式可以做豐富的調(diào)整，智能的選擇過濾。
1、 edge文件格式：
tsv(制表符分隔的txt是一樣的)，csv(逗號分隔的)，xls，xlsx文件等,一般兩種tsv文件就足夠我們使用了。下面就是一個典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原節(jié)點，第三列是目標節(jié)點，第二列是兩者的相互作用關(guān)系，這里的作用關(guān)系標示了不同類型，在后面的網(wǎng)絡設置中大家可以看到它的妙處，而這里的source與target都是數(shù)字，怎樣轉(zhuǎn)換為我們想看到的基因名字呢，這里也是先留一個問題，后面解釋。
2、 node屬性文件
可以導入，可以用來解決我們上面的問題，將edge文件中的數(shù)字替換成可視化的簡單的基因名字。
二、導入數(shù)據(jù)
可以點擊上面的物種名字選擇一個實例來學習，也可以直接選擇空的network用來導入數(shù)據(jù)，例如我選擇了Arabidopsis，就出現(xiàn)了如下的界面，圖示的是一個已經(jīng)做好的網(wǎng)絡的例子：
用戶界面
1、 導入數(shù)據(jù)
2、 導入屬性文件
3、 布局
三、高級功能
1、調(diào)整樣式
(1)基本樣式
(2)節(jié)點樣式
(3)邊樣式
2、改節(jié)點名稱
3、改邊的顏色
4、調(diào)控網(wǎng)絡各項指標統(tǒng)計
得到的結(jié)果會出現(xiàn)在一個新的面板當中：
5、改變節(jié)點大小
這里需要強調(diào)很重要的一點是，在對這里的改變節(jié)點大小進行操作之前，如果是想通過節(jié)點連接的邊的數(shù)量進行梯度設定的話，是必須要進行上面第四步的統(tǒng)計分析的，否則沒有Degree選項出現(xiàn)：
雙擊上面梯度設置的區(qū)域可以出來控制面板進行修改：
四、選擇過濾
1、節(jié)點的選擇
2、子網(wǎng)絡的選擇與分離
六、導出圖片
數(shù)據(jù)的導出可以是網(wǎng)絡文件，表格文件或者是圖片文件，圖片文件包括多種圖片格式以及pdf格式，對比圖標的形態(tài)，下圖所示的左側(cè)兩個是快速導入文件的圖標：
生物信息分析軟件(Cytoscape) 七、表達分析
Cytoscape還可以導入基因的表達值，將不同的表達值進行顏色的梯度展示，由于我的分析沒有這部分數(shù)據(jù)所以將網(wǎng)絡上學到的圖片做了幾個截圖：
八、其它
Cytoscape提供了很多外接的數(shù)據(jù)庫，右鍵點擊相應節(jié)點，出現(xiàn)的選項里面選擇externallinks，里面有以下所示連接的數(shù)據(jù)庫：
此外，基于大量功能強大的插件的開發(fā)，以下的功能也很全面：
GO分析：BiNGO
Pathway分析：CytoKegg、KEGGscape等
模塊與復合物分析：jActiveModules+BiNGO
常見問題
問題描述：
導入數(shù)據(jù)時出現(xiàn)錯誤，如無法識別文件格式或數(shù)據(jù)不完整。
解決方案：
確保下載的文獻數(shù)據(jù)格式符合CiteSpace的要求，通常是Refworks、EndNote等格式的txt文件，且文件名需以特定前綴（如“download_”）開頭。
檢查數(shù)據(jù)文件是否完整，包括必要的字段如作者、標題、摘要、關(guān)鍵詞、發(fā)表年份等。
如果使用Web of Science或CNKI等數(shù)據(jù)庫導出數(shù)據(jù)，請確保按照CiteSpace的要求進行格式選擇和導出。
Cytoscape更新日志
1.對部分功能進行了優(yōu)化
2.解了好多不能忍的bug
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